Prototype 2 (рус. Прототип 2) — компьютерная игра в жанре научно-фантастического экшена с элементами RPG, разработанная компанией Radical Entertainment. Релиз состоялся 24 апреля 2012 года для платформ PS3, Xbox 360, 22 июля 2015 года для платформы PS4, 14 июля 2015 года для платформы Xbox One. Сиквел игры Prototype.
Яростная эпидемия была остановлена, город спасён. Хаос закончился после взрыва у побережья. Но спустя 14 месяцев «вирус Мерсера», как его окрестила корпорация «Гентек», вновь вспыхивает в городе. «Чёрный дозор» (англ. Black Watch) «железным кулаком» начинает наводить порядок в Нью-Йорке, но вирусная вспышка уже за 72 часа расползается по всему городу. И уже бывший Нью-Йорк, а теперь Нью-Йорк Зеро, разделён на три зоны — «Красная» (обитель Мерсера), «Желтая» (обитель выживших) и «Зеленая» (стойло «Дозора» и «Гентек»).
Сержант Джеймс Хеллер (англ. James Heller), находился в «горячей точке» на Ближнем Востоке. В Нью-Йорке его ждала семья — дочь Амайя и жена Колетт. По телефону Колетт рассказывает мужу, что в городе вновь эпидемия. Хеллер пытается успокоить жену, говоря, что скоро вернётся, и семья уедет из города, пока все не наладится. Однако, вернувшись домой, Джеймс обнаруживает, что его семья погибла в ходе эпидемии. Он винит во всем известного всему городу террориста Алекса Мерсера (англ. Аlex Mercer), жаждет убить его, считая его виновным в смерти близких, и вызывается добровольцем на самоубийственное задание в центре «Красной Зоны» на Манхэттэне. Но БТР с военными, в котором находится Хеллер, сбивает сгоревшая машина. Все солдаты, кроме Хеллера, погибают. После провальной попытки зарезать Мерсера ножом, Хеллер начинает следовать за ним, попутно встречая почти всю фауну «Красной Зоны»: заражённых птиц (Летунов), Крикуна (аналог Охотника из первой части игры), Голиафа (огромнейшего монстра с щитом на левой конечности, которым он сметает все на своём пути). Также Мерсер сбивает военный вертолёт, от которого Хеллер уклоняется. Джеймс успешно избегает все угрозы, затем ножом убивает набросившегося на него Крикуна. После он вновь встречает Мерсера, однако попытка убить его вновь проваливается: Алекс инфицирует протагониста.
Джеймс приходит в себя в лаборатории Бруклина в «Желтой Зоне», где над ним проводит опыты доктор Антон Кёниг. Он считает Хеллера бесценным образцом, так как тот заражён и при этом остаётся живым человеком. Однако, настрой доктора портят новый командир «Чёрного дозора», полковник Дуглас Рукс (позывной "Чекмейт"), и его первый помощник, лейтенант Клинт Райли (позывной "Касл"). Они говорят доктору, что, в случае провала экспериментов, Хеллер будет сожжён. Для начала Кёниг натравливает на Джеймса рядовых заражённых, с которыми главный герой легко справляется, благодаря новым способностям. Осознав угрозу от «подопытного», Рукс сжигает его, а затем посылает двух солдат проверить, убит ли Хеллер, говоря, что «ещё одного Мерсера ему только не хватало». Джеймс внезапно оживает и поглощает «дозорных», восстанавливая тем самым своё здоровье, но его попытались сжечь вновь, после чего Хеллер опять восстанавливает своё здоровье. У полковника отказывает оборудование. Хеллер броском хирургического стола, на котором он очнулся, разбивает защитное стекло и сбегает. На улице он встречает Мерсера. Тот объясняет ему, что не виноват в распространении вируса и смерти семьи Джеймса. Доказывает он это, показав Хеллеру воспоминания одного из солдат «Чёрного дозора» — лейтенанта Марка Саймона. Алекс просит помочь ему в уничтожении «Дозора» и «Гентек», также он советует ему находить и поглощать ДНК различных зараженных особей, чтобы улучшить свои способности и получить новые мутации. Хеллер все же не верит Алексу и решает обдумать все как следует. Игрока знакомят с некоторыми особенностями игрового процесса, затем Джеймс осматривается в Жёлтой Зоне. Хеллер видит церковь и идёт туда к отцу Луису Гуэрре, который оказывается весьма осведомлённым в делах «Дозора» и «Гентек». Он посылает протагониста найти командиров, чтобы получить зацепку — отправную точку в мести Джеймса. Гуэрра боится «Дозора», герою предстоит поменять его представления о нём. Поглотив командиров, Джеймс выходит на Рукса, однако найти его пока не может. Чтобы убедить Гуэрру присоединиться к нему, Джеймс отправляется в парк, где показывается вся суть «Желтой Зоны» — солдаты «Чёрного дозора» проводят эксперименты: натравливают заражённых на мирных жителей. Хеллер останавливает монстра (Крикуна) и поглощает его, получив первое оружие ближнего боя — Когти. Затем убивает ещё одного монстра и перебивает подоспевший отряд военных, а затем уничтожает БТР с помощью гранатомёта, тем самым давая понять Гуэрре, что с солдатами-беспредельщиками можно бороться. Отец Гуэрра поднимает свои связи.
Бойцы невидимого фронта
Первая цель — доктор Сандра Биллингсли, ведущий исследователь «Гентек». Поглотив её, герой получает доступ к первому терминалу //BlackNet, через который выходит на доктора Дженовезе, однако поглощение его ничего не даёт. Все же, Хеллеру удаётся через соседний компьютер найти координаты базы, на которой находится Рукс. Далее его снова постигает неудача: побывав на совещании военных на этой базе, Хеллеру не удаётся поглотить полковника, но он узнает о докторе Шаффелде, ставящем эксперименты на людях. После его поглощения, Джеймс узнает о некой «первой фазе». Прибыв на базу «Лонгшедоу», Хеллер обнаруживает там исследовательский комплекс, в котором изучают Гидру. Но что-то идёт не так: Гидра просыпается и крушит все вокруг. Убив и поглотив её, герой получает Щупальца (оружие дальнего боя с силовой атакой «Чёрная дыра» — множество щупалец, засасываемых вместе с врагами и предметами в одну точку) и сбегает из комплекса. Доктор Беллами беспокоится о провале эксперимента и боится за свою жизнь, так как Хеллер без проблем убивает ведущих учёных, но его успокаивает доктор Берк: ДНК Гидры собрано достаточно для перехода ко «второй фазе». Гуэрра посылает Хеллера на полигон Джефферсон, опираясь на данные нового помощника — персоны под кодовым именем «Афина». Там Хеллер обнаруживает и поглощает Джаггернаута (в субтитрах — «Великана»), получив тем самым Щит.
Тем временем, «Чёрный дозор» нападает на церковь, в надежде убить отца Гуэрру и подоспевшего на помощь Хеллера. Им это не удается, но Джеймс и отец решают, что нужно уходить из «Желтой Зоны». Хеллер остаётся, чтобы завершить дела с экспериментами «Гентек». Сначала Хеллер поглощает доктора Беллами, которого уже собирались перевезти в Зелёную Зону. Остаются лишь доктор Берк и доктор Кёниг. Сначала Джеймс берётся за Кёнига, но тот предлагает ему помощь и рассказывает о проекте «Орион» — проект по выращиванию суперсолдат созданных их ДНК Хеллера (аналогичных суперсолдатам из первой части, только уже не способных распознать главного героя в любом облике ). Хеллер срывает его, убивая всех «образцов проекта» и уничтожая базу. Доктор Берк по рации говорит, что есть ещё полигон, где размещен суперсолдат «второй фазы». При успешном его клонировании, проект «Орион» обретёт новую жизнь. Кёниг даёт Хеллеру координаты полигона. Поглотив солдата «второй фазы», Джеймс получает Разрушительную атаку (аналог массовой атаки «Девастаторный залп щупальцев»), после чего поглощает Берка. Из его воспоминаний Хеллер узнает, что Кёниг хочет его убить, и решает покончить со лживым учёным. Однако, не всё так просто: Кёниг оказывается Развитым — инфицированным со способностями, практически аналогичными способностям Хеллера. Всё же протагонист поглощает его и узнает, что Мерсер собирает армию заражённых, внедряя их повсюду, на все высокие посты: учёных и прочих важных сотрудников. Это подтверждает сам Алекс: он прилетает к Хеллеру и говорит, что с армией Развитых они сотрут с лица Земли и «Чёрный Дозор» и «Гентек». Однако, когда речь заходит о вирусе, Алекс реагирует подозрительно, и после его ухода Хеллер понимает: Мерсер лжец. Он затеял что-то недоброе. Затем звонит Гуэрра и говорит, что «у Афины плохие новости», после чего назначает Джеймсу встречу в «Зелёной зоне». Поглотив пилота «Чёрного дозора» и перевоплотившись в него, Хеллер, используя воздушный мост, попадает в «Зеленую Зону».